مرض نيجاتا ميناماتا Niigata Minamata disease (新潟水俣病، Niigata Minamata-byō) هو عبارة عن متلازمة عصبية تحدث نتيجة تسمم الزئبق الحاد. وقد تطابقت أعراض هذا المرض مع التفشي الأول لمرض ميناماتا في محافظة كوماموتو، ومن ثم أطلق على التفشي الثاني الذي حدث في محافظة نيجاتا عام 1965 نفس الاسم. وحدث هذا المرض نتيجة لتسمم الزئبق الحاد الناتج عن وجود ميثيل الزئبق في المياه العادمة التي تصدر عن إنتاج الأسيتالدهيد (حيث يتم إنتاجه عن طريق استخدام كبريتيد الزئبق كعامل مساعد) في مصنع الكيماويات التابع لشركة شوا للكهرباء في قرية كانوس. وقد تم إطلاق هذا المركب عالي السمية بدون معالجة في نهر أغانو حيث تراكم أحيائيًا بشكل متصاعد في السلسلة الغذائية، مما أدى إلى تلويث الأسماك. وعندما أكل السكان المحليون هذه الأسماك، ظهرت عليهم أعراض من بينها الترنح وتنميل في اليدين والقدمين وضعف في العضلات بشكل عام وضيق في مجال الرؤية وتلف في السمع والنطق.
وبلغ العدد المعتمد للمرضى الذين أصيبوا بمرض نيجاتا ميناماتا في حوض نهر أغانو 690 شخصًا.
وكان تفشي المرض في محافظة نيجاتا هو التفشي الثاني المُسجَّل في اليابان وحدث في حوض نهر أغانو] المنخفض، ومن ثم يُطلق عليه أحيانا اسم Second Minamata disease (第二水俣病، Dai-ni Minamata-byō) أو Agano River Organic Mercury Poisoning (阿賀野川有機水銀中毒، Agano-gawa Yūki-suigin Chūdoku). ويعد هذا المرض أحد الأمراض الأربعة الرئيسية الناتجة عن التلوث في اليابان.