رافق التلوث البيئي في اليابان التحول الصناعي منذ فترة مييجي. تُعتبر حالة التسمم بالنحاس التي نجمت عن تصريف مياه منجم أشيو للنحاس في محافظة توتشيغي في عام 1878، إحدى حالات التسمم الأولى التي حصلت في اليابان. حدثت فيضانات متكررة في حوض نهر واتاراس، وتضرر نحو 1600 هكتار من الأراضي الزراعية والبلدات والقرى في محافظتي توتشيغي وغونما بسبب مياه الفيضان، التي احتوت على كميات مُفرطة من مركبات النحاس غير العضوية الناجمة عن منجم مياه منجم أشيو. ناشد الرُعاة المحليون، بقيادة عضو مجلس النواب في توتشيغي شوزو تاناكا، كلًا من المحافظة والحكومة إلى دعوة وقف عميلة التعدين، ولكن لم يتحقق أي حل جذري للمشكلة، بالرغم من أن الحكومة المنخرطة في أعمال سد نهر واتاراس، قد دفعت أموالًا تعويضية لهم.
تعد اليابان أكبر مستورد عالمي لكلٍ من الموارد الطبيعية المتجددة وغير المتجددة، وواحدة من أكثر الدول استهلاكًا للوقود الأحفوري.