السفارة البابوية في البحرين هي البعثة الدبلوماسية التابعة للكرسي الرسولي لدى مملكة البحرين، وتمثل المصالح الدبلوماسية للكنيسة الكاثوليكية في البلاد.
ويُعرف رئيس هذه البعثة باسم السفير البابوي، وهو الممثل الرسمي للكرسي الرسولي لدى البحرين. ويتولى السفير البابوي لدى البحرين في الوقت نفسه مهام السفير البابوي لدى الكويت، ويتخذ من مدينة الكويت مقراً لإقامته.
قبل إقامة العلاقات الدبلوماسية الرسمية بين الكرسي الرسولي والبحرين، كان الكرسي الرسولي يدير شؤونه في المملكة من خلال بعثات كنسية ذات اختصاص إقليمي.
فقد أنشأ البابا بولس السادس الوفد الرسولي إلى منطقة البحر الأحمر في 3 يوليو 1969، ثم أنشأ البابا يوحنا بولس الثاني الوفد الرسولي إلى شبه الجزيرة العربية في 26 مارس 1992، ليتولى متابعة شؤون الكنيسة الكاثوليكية وعلاقاتها في دول المنطقة.
وفي 12 يناير 2000، أقام الكرسي الرسولي ومملكة البحرين علاقات دبلوماسية رسمية.