السفارة البابوية إلى جيبوتي هي مكتب كنسي تابع للكنيسة الكاثوليكية في جيبوتي. وهي منصب دبلوماسي تابع للكرسي الرسولي، ويُطلق على ممثلها اسم السفير الرسولي برتبة سفير. ويُمنَح لقب السفير الرسولي في جيبوتي للأسقف الذي يُعين أساسا سفيرًا رسوليا في إثيوبيا، على أن يكون مقر إقامته هناك.
أنشأ البابا يوحنا بولس الثاني البعثة الرسولية إلى جيبوتي في 26 مارس 1992 كجزء من إعادة تنظيم أوسع لتمثيلها في المنطقة. كانت مصالح الكرسي الرسولي في المنطقة في السابق من مسؤولية البعثة الرسولية إلى منطقة البحر الأحمر.