اعتلال القنوات (بالإنجليزية: Channelopathy) هي مجموعة أمراض سببها اضطراب وظيفة الأجزاء المكونة للقنوات الأيونية أو البروتينات المنظمة لها.
هذه الأمراض قد يكون سببها خلقيا (نتيجة طفرة جينية) أو سببا مكتسبا (بسبب المناعة الذاتية التي تستهدف القناة الأيونية).