يوحنا الثالث (الإنجليزية: John III) أسقف القدس وبطريركها بين عامي 516 و524 م، وأحد رجال الكنيسة في فلسطين خلال القرن السادس الميلادي. تولّى الكرسي في فترة اشتدّ فيها الصراع اللاهوتي بين أنصار مجمع خلقيدونية (المنعقد سنة 451) ومعارضيه من القائلين بالطبيعة الواحدة للمسيح. وقد نُصِّب بضغط من السلطة الإمبراطورية البيزنطية عقب نفي سلفه إلياس الأول، على أن يدخل في شركة كنسية مع سويرس الأنطاكي ويَحرِم قرارات مجمع خلقيدونية، غير أنه تراجع عن ذلك بتأثير رهبان البرية بقيادة سابا المتقدس وثيودوسيوس، فأعلن في تجمّع حاشد تمسّكه بمجمع خلقيدونية وحرمانه لمعارضيه. سبقه على الكرسي إلياس الأول وخلفه بطرس.
المصدر الرئيسي لسيرة يوحنا الثالث هو كتاب «سيرة سابا» الذي وضعه الراهب كيرلس السكيثوبوليسي في فلسطين نحو سنة 556، وهو من أهم المصادر النصية لتاريخ الكنيسة في فلسطين والمشرق خلال القرن السادس.