يُصرف نهر جيلجيل جزءًا من قاع الوادي المتصدع الكبير في كينيا والهضبة الواقعة شرق الوادي، ويتدفق من الشمال إلى بحيرة نيفاشا. ويجري النهر شرق مدينة جيلجيل الواقعة على مرتفع أرضي بين حوضي بحيرتي نيفاشا وإلمنتيتة.
ينبع نهر جيلجيل من ارتفاع يزيد عن 2500 متر (8200 قدم) حيث يبلغ معدل هطول الأمطار السنوي حوالي 1100 مليمتر (43 بوصة). ويبقى النهر متدفقًا طوال العام. للنهر ثلاثة روافد رئيسية:
مورينداتي على ارتفاع 2700 متر (8900 قدم).
كيريوندو على ارتفاع 2710 أمتار (8890 قدمًا).
وليتل جيلجيل على ارتفاع 2400 متر (7900 قدم).
يبلغ أقصى طول أفقي لمجرى النهر 60 كيلومترًا (37 ميلًا)، وأقصى انخفاض في منسوبه 873 مترًا (2864 قدمًا).
إلى الشمال من البحيرة مباشرةً يصب النهر في سهل فيضي واسع، حُفرت فيه قنوات لدعم الزراعة المروية. يكتسي مدخل النهر إلى بحيرة نيفاشا بنبات البردي وأنواع أخرى من السعد والبردي.
يُعد نهرا جيلجيل وماليوا الأكبر حجمًا المصدرين الرئيسيين للمياه في بحيرة نيفاشا. ويحمل كلاهما كميات كبيرة من الرواسب إلى البحيرة خلال مواسم الأمطار. وكان من بين الحلول المقترحة زراعة سياجات من نجيل الفيتيفير عبر منطقة الدلتا، والتي أثبتت فعاليتها في مناطق أخرى في احتجاز الطمي، كما أنها تساعد على تجديد الأراضي الرطبة.
اكتشف الجيولوجي جيه دبليو غريغوري مستوطنة قديمة على نهر غيلجيل تحتوي على أدوات مصنوعة من رقائق حجر الأوبسيديان وفخار خشن تعود إلى ما قبل العصر الحديدي. وشملت الأدوات مكاشط الجلد والمثاقب والسكاكين الصغيرة.