يُصنّف كل من الفصام والاضطراب ثنائي القطب كاضطرابات نفسية في الدليل التشخيصي والإحصائي للاضطرابات النفسية النسخة الخامسة (DSM-5). الفصام هو اضطراب ذهاني بشكل رئيسي، والاضطراب ثنائي القطب هو اضطراب مزاجي رئيسي ولكنه قد يشتمل أيضًا على الذهان. ومع ذلك، وبسبب بعض الأعراض المتشابهة، قد يكون التفريق بين الاثنين صعبًا في بعض الأحيان؛ في الواقع، هناك تشخيص وسيط يسمى الاضطراب الفصامي العاطفي.
في حين أن الأعراض التي يشتكي منها المريض والأعراض الملحوظة عليه هي طريقة رئيسية لتشخيص أي من الاضطرابين، فقد سمح التقدم الطبي في القرن الحادي والعشرين للأطباء النفسيين باستخدام فحوصات التصوير بالرنين المغناطيسي لمحاولة إيجاد علامات محددة وفارقة. من خلال التصوير بالرنين المغناطيسي، يمكن للأطباء النفسيين رؤية اختلافات هيكلية محددة في أدمغة المصابين بالفصام. تشمل هذه الاختلافات حجم المادة الرمادية، والاختلافات في حجم الدماغ وسمك القشرة، والتي ترتبط بالاختلافات الذهنية في الفحص الطبي. قد تظهر هذه الاختلافات أحيانًا طوال عمر المرض وغالبًا ما تحدث بعد النوبة الأولى بفترة وجيزة. على الرغم من اختلاف التشخيصَين، إلا أن بعض علاجاتهما متشابهة، بسبب بعض الأعراض المشتركة.