مخطوطات المكتبة الخالدية هي مجموعة من المخطوطات العربية والإسلامية المحفوظة في المكتبة الخالدية في البلدة القديمة في القدس. تُعد المجموعة من أكبر مجموعات المخطوطات في فلسطين، ومن أبرز المجموعات العائلية الخاصة للمخطوطات الإسلامية في العالم. نشأت نواتها من مقتنيات علماء وقضاة وأدباء من عائلة الخالدي المقدسية، ثم جُمعت ضمن المكتبة التي أسسها الحاج راغب الخالدي سنة 1900 لتكون أول مكتبة عربية عمومية تؤسس بمبادرة شخصية في فلسطين.
تضم المجموعة بحسب بيانات المكتبة 1263 مخطوطًا بلغات متعددة، منها 1209 مخطوطات عربية، و18 مخطوطًا فارسيًا، و36 مخطوطًا بالتركية العثمانية. وتحتوي المخطوطات العربية على عدد كبير من المجاميع، وهي مجلدات تضم أكثر من نص أو رسالة، ولذلك يتجاوز عدد العناوين العلمية والأدبية المحفوظة في المجموعة نحو 2000 عنوان.