مكتبة الخليلي أو مكتبة الشيخ محمد الخليلي هي مكتبة وقفية تاريخية في القدس، أنشأها الشيخ شمس الدين محمد بن محمد الخليلي، أحد علماء القدس في القرن الثامن عشر الميلادي، بموجب وقفية مؤرخة سنة 1727م/1139هـ. اتخذت المكتبة مقرًا لها في المدرسة البلدية، وهي مدرسة تاريخية تقع في الجهة الغربية من الحرم القدسي الشريف، إلى الشمال من باب السكينة وبالقرب من باب السلسلة.
تُعد المكتبة من نماذج المكتبات الوقفية في القدس العثمانية، إذ وُقفت كتبها على طلبة العلم والمنتفعين بها من أهل القدس والمجاورين لها، ووضعت وقفيتها شروطًا لحفظ الكتب ومنع بيعها أو رهنها أو إهدائها أو استبدالها. وقد آلت بقايا من مخطوطاتها في النصف الثاني من القرن العشرين إلى مكتبة المسجد الأقصى، حيث أصبحت جزءًا من مجموعات المخطوطات المحفوظة فيها.