عدم الاستقرار الصبغي (بالإنجليزية: Chromosome instability) (CIN) هو نوع من عدم الاستقرار الجينومي الذي تكون فيه الكروموسومات غير مستقرة، بحيث يتم نسخ أو حذف أجزاء من الكروموسومات أو بأكملها، يؤدي التوزيع غير المتساوي للحمض النووي على الخلايا الناتجة بعد الانقسام إلى فشل في الحفاظ على سوائية الصيغة الصبغية (العدد الصحيح للكروموسومات) مما يؤدي إلى اختلال الصبغية (عدد غير صحيح من الكروموسومات)، بمعنى آخر لا تحتوي الخلية البنت على نفس العدد من الكروموسومات مثل الخلية التي نشأت منها.
تمت دراسة هذه التغييرات في أورام صلبة قد تكون أو لا تكون سرطانية، يُعد عدم الاستقرار الصبغي أمرًا شائعًا في الأورام وسرطانات الدم وخاصة سرطان القولون والمستقيم، على الرغم من أن العديد من الأورام تُظهر تشوهات الكروموسومات إلا أن عدم الاستقرار الصبغي يتميز بزيادة معدل هذه الأخطاء.