كان رئيس الولايات الكونفدرالية هو رئيس الدولة ورئيس الحكومة في الولايات الكونفدرالية الانفصالية غير المعترف بها. وكان الرئيس هو الرئيس التنفيذي للحكومة الفيدرالية والقائد الأعلى للجيش الكونفدرالي والبحرية الكونفدرالية.
أناطت المادة الثانية من دستور الولايات الكونفدرالية السلطة التنفيذية للكونفدرالية بالرئيس. وشملت هذه السلطة تنفيذ القوانين، إلى جانب مسؤولية تعيين المسؤولين التنفيذيين والدبلوماسيين والتنظيميين والقضائيين، وإبرام المعاهدات مع القوى الأجنبية بـ مشورة وموافقة مجلس الشيوخ. وعلاوة على ذلك، كان مخولاً بمنح إرجاع الأحكام والعفو العام، ودعوة أي من مجلسي الكونغرس أو كليهما للانعقاد أو التأجيل في ظل ظروف استثنائية.
كان الرئيس يُنتخب بشكل غير مباشر من قبل الشعب من خلال المجمع الانتخابي لفترة ولاية مدتها ست سنوات، وكان واحداً من مسؤولين اثنين فقط يُنتخبان على مستوى الكونفدرالية بأكملها، والمسؤول الآخر هو نائب الرئيس. في 18 فبراير 1861، أصبح جيفرسون ديفيس رئيساً للحكومة المؤقتة، وكان الشخص الوحيد الذي تولى هذا المنصب. وفي 22 فبراير 1862، أصبح رئيساً للحكومة الدائمة وخدم بهذه الصفة حتى الانهيار العسكري للكونفدرالية. أعلنت حكومة الولايات الكونفدرالية حل الكونفدرالية في 5 مايو 1865، وتوقف ديفيس بعد ذلك عن محاولة ممارسة صلاحيات واختصاصات منصبه. لذلك، يُعتبر يوم 5 مايو عموماً هو اليوم الذي أُلغيت فيه الولايات الكونفدرالية الأمريكية (ورئاستها) رسمياً. وقد أُلقي القبض على ديفيس نفسه على يد عناصر من سلاح الفرسان الأمريكي بعد خمسة أيام.