حوض سيستان هو حوض داخلي مائي، يشمل أجزاءً من جنوب غرب أفغانستان وأجزاءً من جنوب شرق إيران . وهو من أكثر مناطق العالم جفافًا، ويعاني من فترات جفاف طويلة. يتكون حوضه المائي من مجموعة أنهار تتدفق من مرتفعات أفغانستان إلى بحيرات المياه العذبة والمستنقعات، ثم إلى وجهتها النهائية: منخفض جودزاره المالح في أفغانستان، وهو جزء من حوض سيستان الطرفي الواسع. يستنزف نهر هلمند أكبر مستجمع مائي في الحوض، ويتغذى بشكل رئيسي من ذوبان الثلوج من جبال هندوكوش، ولكن تساهم أنهار أخرى أيضًا.
يرتفع تل البازلت المعروف باسم جبل الخواجه بجانب البحيرات والمستنقعات في الحوض.