تفاعلات البروتين والحمض النووي تحدث عندما يربط البروتين جزءًا من الحمض النووي، غالبًا ما ينظم الوظيفة البيولوجية للحمض النووي، التي عادة ما تكون التعبير للجيناتات. من بين البروتينات التي ترتبط بالحمض النووي عوامل النسخ التي تنشط أو توقف التعبير الجيني عن طريق الربط بأشكال الحمض النووي والهستونات التي تشكل جزءًا من بنية الحمض النووي وترتبط بأقله على وجه التحديد. وأيضًا البروتينات التي تصلح الحمض النووي مثل الحمض النووي-اليوراسيل جلوكوسيلاز التي تتفاعل بشكل وثيق معها.
وبوجه عام ترتبط البروتينات بالحمض النووي في الأخدود الرئيسي، ومع ذلك توجد تعبيرات.
تفاعل البروتين-الحمض النووي ينقسم إلى نوعين رئيسيين، إما أن يكون تفاعل محدد أو تفاعل غير محدد.