تُعدّ هندسة ما فوق الجينوم أو تعديل ما فوق الجينوم نوعًا من الهندسة الوراثية، حيث يتم تعديل ما فوق الجينوم في مواقع محددة باستخدام جزيئات مُهندسة تستهدف تلك المواقع (بدلاً من تعديل الجينوم بأكمله). فبينما ينطوي تعديل الجينات على تغيير تسلسل الحمض النووي نفسه، يتضمن تعديل ما فوق الجينوم تعديل تسلسلات الحمض النووي وعرضها على البروتينات وعوامل ربط الحمض النووي الأخرى التي تؤثر على وظيفة الحمض النووي. ومن خلال "تعديل" خصائص الإبيجينوم بهذه الطريقة، يستطيع الباحثون تحديد الدور البيولوجي الدقيق للتعديل الفوق جينومي في الموقع المعني.
تتكون البروتينات المُهندسة المستخدمة في تعديل الإبيجينوم من نطاق ارتباط بالحمض النووي يستهدف تسلسلات محددة، ونطاق مُؤثر يُعدِّل خصائص الإبيجينوم. حاليًا، تُستخدم ثلاث مجموعات رئيسية من بروتينات الارتباط بالحمض النووي بشكل أساسي في تعديل الإبيجينوم: بروتينات أصابع الزنك، والمؤثرات الشبيهة بمنشطات النسخ (TALEs)، وبروتينات Cas9 المُفتقرة للنيوكلياز (CRISPR).