تشكل نظام النقل في إندونيسيا بمرور الوقت بناءً على قاعدة الموارد الاقتصادية لـ أرخبيل يضم آلاف الجزر، وتوزيع سكانها الذين يزيد عددهم عن 200 مليون نسمة والمتركزين بشكل أساسي في جزيرة واحدة، وهي جاوة.
تلعب جميع وسائل النقل دوراً في نظام النقل في البلاد وهي بشكل عام متكاملة وليست تنافسية. النقل البري هو السائد، حيث بلغ إجمالي طول النظام 548,366 كيلومتر (340,739 ميل) في عام 2020. يمتلك نظام السكك الحديدية خمس شبكات غير متصلة في جاوة وسومطرة وسولاوسي مخصصة بشكل أساسي لنقل السلع السائبة وحركة الركاب لمسافات طويلة.
يعد النقل البحري مهماً للغاية لـ تكامل اقتصادي، وكذلك للتجارة المحلية والخارجية. وهو متطور بشكل جيد، حيث تمتلك كل جزيرة من الجزر الرئيسية مدينة ميناء واحدة مهمة على الأقل. ويعتبر دور الممرات المائية الداخلية ثانوياً نسبياً ويقتصر على مناطق معينة في شرق سومطرة وكليمنتان.
تعد وظيفة الطيران مهمة، لا سيما حيث يعاني النقل البري أو المائي من نقص أو يكون غير موجود. وهي تعتمد على شبكة طيران محلية واسعة يمكن من خلالها الوصول إلى جميع المدن الكبرى بواسطة طائرات الركاب.