النقل بالسكك الحديدية في إندونيسيا- تتركز غالبية خطوط السكك الحديدية في إندونيسيا في جزيرة جاوة، وتُستخدم لنقل الركاب والبضائع. يوجد في سومطرة أربع شبكات سكك حديدية غير متصلة ( آتشيه، سومطرة الشمالية، سومطرة الغربية، سومطرة الجنوية، ولامبونغ )، وخط سكة حديد واحد قيد التشغيل في سولاوسي الجنوبية.
ومؤخرًا أنهت الدولة خطتها الخاصة بإنشاء شبكة سكك حديدية وطنية، والتي بموجبها سيتم إضافة 3200 كم إضافية من خطوط السكك الحديدية عبر جزر: سومطرة، وجاوة، وكاليمانتان وسولاوسي. ويُعد هذا المشروع أضخم مشروع سكك حديدية في إندونيسيا منذ استقلالها عن هولندا في عام 1945م. وتعتزم إندونيسيا توسيع شبكة السكك الحديدية الوطنية لتصل إلى 10,524 كيلومترًا ، وذلك بحلول عام 2030م. وفي سبتمبر 2022م، بلغ طول الشبكة 7,032 كم.
وتوجد خطوط السكك الحديدية الحضرية في جميع محافظات ومناطق جاوة الحضرية، وخاصة في جاكرتا، بالإضافة إلى ميدان في سومطرة الشمالية، وذلك على هيئة قطارات ركاب. ويجري حاليًا إدخال أنظمة نقل جماعي سريع وقطارات خفيفة جديدة في جاكرتا وباليمبانغ في سومطرة الجنوبية.
وعلى الرغم من أن الطرق في إندونيسيا تأخذ جهة اليسار، إلا أن معظم خطوط السكك الحديدية تسير ناحية اليمين؛ وذلك بسبب الإرث الهولندي.
ويبلغ عرض خط السكة الحديدية في إندونيسيا 1٬067 مليمتر (3 قدم (وحدة قياس) 6 بوصة)، على الرغم من وجود خطوط سابقة بعرض 1435 ملم (4 أقدام و8.5 بوصة)، و750 ملم (قدمان و5.5 بوصة)، و600 ملم (قدم و11.85 بوصة). وتستخدم الإنشاءات الحديثة في سومطرة، بما في ذلك آتشيه وكاليمانتان وسولاوسي وبابوا، بالإضافة إلى قطار جابوديبك الخفيف، وقطار جاكرتا الخفيف، وقطار جاكرتا-باندونغ فائق السرعة، عرض 1435 ملم. وتُزود معظم منطقة جاكرتا الكبرى بالكهرباء بتيار مستمر 1500 فولت.
وتُشغّل خطوط السكك الحديدية في إندونيسيا بشكل رئيس من قبل شركة السكك الحديدية الإندونيسية (كيريتا أبي إندونيسيا) المملوكة للدولة، وشركتها التابعة للنقل الداخلي KAI Commuter، وشركتها التابعة لربط المطارات بالسكك الحديدية KAI Bandara. وتملك المديرية العامة للسكك الحديدية التابعة لوزارة النقل غالبية البنية التحتية الخاصة بالسكك الحديدية، وتدفع شركات السكك الحديدية رسومًا مقابل استخدام هذه السكك.
وتعمل العديد من خطوط الترام الصناعية الضيقة في جاوة وسومطرة، وتخدم صناعات قصب السكر وزيت النخيل.