يشير مصطلح العلاقات اليابانية الماليزية إلى العلاقات الخارجية الثنائية التي تربط اليابان بماليزيا. تعتبر العلاقة التجارية التي جمعت سلطنة ملقا مع مملكة ريوكيو في القرن الخامس عشر أقدم علاقة تاريخية مسجلة بين البلدين. هاجرت مجموعات صغيرة من المستوطنين اليابانيين إلى أجزاء مختلفة من المنطقة التي تعرف اليوم باسم ماليزيا خلال القرن التاسع عشر. استمر انتقال هذه المجموعات إلى القرن العشرين، عندما بدأت العلاقات بين البلدين بالتراجع ووصلت إلى الحضيض مع صعود إمبراطورية اليابان وما تلاها من الغزو والاحتلال الياباني لمالايا وبورنيو البريطانيتين خلال الحرب العالمية الثانية. عادت العلاقات لتتحسن بشكل تدريجي مع انتهاء الحرب، وبلغت ذروتها مع اتباع ماليزيا لسياسة «التوجه شرقًا» خلال فترة الحكم الأولى لرئيس الوزراء مهاتير محمد في ثمانينيات القرن العشرين.
تمتلك اليابان سفارة في العاصمة الماليزية، كوالالامبور، ومكتبًا قنصليًا في مدينة جورج تاون في ولاية بينانق الماليزية، إضافة إلى مكتب قنصلي في مدينة كوتا كينابالو. بالمقابل، تمتلك ماليزيا سفارة في حي شيبويا في العاصمة اليابانية، طوكيو. تربط البلدان علاقات دبلوماسية ودية. يمتلك 80% من الماليزيين، وفقًا لاستطلاع رأي أجرته مؤسسة بيو عام 2013، نظرة إيجابية تجاه اليابان وتأثيرها على المنطقة.