تشير العلاقات الماليزية الفلبينية إلى العلاقات الخارجية بين ماليزيا والفلبين. للفلبين سفارة في كوالالامبور، ولماليزيا سفارة في مانيلا وقنصلية عامة في مدينة دافاو. لشعب الدولتين الشقيقتين تاريخ عريق من العلاقات الثقافية والسياسية.
كلاهما عضو مؤسس في رابطة دول جنوب شرق آسيا، وكلا البلدين من العرق الملايو بولينيزي، وكلاهما شريك تجاري مهم. شارك البلدان في محادثات وتدابير أمنية مشتركة في بحر سولو، الذي يمتد بين البلدين.
ساعدت ماليزيا في مساعي حفظ السلام في مينداناو، على الرغم من أن محاولة الرئيس فرديناند ماركوس في السابق لاستعادة شرق صباح بذريعة المطالبة بسلطنة سولو بالقوة عبر «عملية ميرديكا» قد فشلت فشلًا ذريعًا. عقب اعتقال نور ميسوراي في عام 2001، قال رئيس وزراء ماليزيا مهاتير محمد في تصريح إنهم لم يمولوا التمرد على الرغم من الصراعات المستمرة حتى الآن. كلا البلدين منخرط الآن في النزاعات الجارية حول ملكية جزر سبراتلي وأجزاء من صباح.