الديانة السائدة في كوبا هي المسيحية، وخاصة الكاثوليكية الرومانية، على الرغم من أنها في بعض الحالات يتم تعديلها بعمق وتأثيرها من خلال التوفيق بين المعتقدات. الديانة التوفيقية المشتركة هي السانتيريا، التي جمعت بين ديانة اليوروبا للعبيد الأفارقة والكاثوليكية وبعض فروع الأمريكيين الأصليين؛ يظهر تشابهًا مع أومباندا البرازيلية ويتلقى درجة من الدعم الرسمي. تقدر الكنيسة الرومانية الكاثوليكية أن 60% من السكان كاثوليك، لكن 5% فقط من 60% يحضرون القداس بانتظام، بينما تقدر مصادر مستقلة أن 1.5% فقط من السكان يفعلون ذلك. في استطلاع رعته Univision, قال 44% من الكوبيين إنهم ليسوا متدينين و 9% لم يعطوا إجابة بينما قال 34% فقط إنهم مسيحيون.
تقدر العضوية في الكنائس البروتستانتية بنسبة 5 بالمائة وتشمل المعمدانيين، الخمسينيين، السبتيين، المشيخيين، الأنجليكان، الميثوديين، جمعية الأصدقاء الدينية (الكويكرز) واللوثريين. في العقود الأخيرة، شهدت البروتستانتية بعض الازدهار، وتشمل الطوائف المسيحية الأخرى الكنيسة الأرثوذكسية اليونانية والكنيسة الأرثوذكسية الروسية وشهود يهوه وكنيسة يسوع المسيح لقديسي الأيام الأخيرة.
تشمل ديانات الأقلية غير المسيحية في كوبا الهندوسية والديانة الشعبية الصينية، والتي يمثل كل منها 0.2% من السكان، بالإضافة إلى العقيدة البهائية والبوذية واليهودية والإسلام والأديان الجديدة، والتي تضم جميعها أعدادًا لا يستهان بها من أتباعها. أقل من 0.1% من سكان كوبا. بالإضافة إلى ما سبق، صرح 18.0% من الكوبيين بأنهم ملحدون و 5.1% قالوا أنهم ملحدين.
كوبا هي موطن لمجموعة متنوعة من الديانات التوفيقية ذات الأصل الثقافي الأفريقي إلى حد كبير. وفقًا لتقرير صادر عن وزارة الخارجية الأمريكية، تقدر بعض المصادر أن ما يصل إلى 80 بالمائة من السكان يتشاورون مع ممارسي الديانات ذات الجذور الغربية الأفريقية، مثل السانتيريا أو بالو أو الكوبية. تطورت سانتيرية من تقاليد اليوروبا، أحد الشعوب الأفريقية التي تم استيرادها إلى كوبا خلال القرنين السادس عشر والتاسع عشر للعمل في مزارع السكر. تمزج سانتيرية بين عناصر المسيحية ومعتقدات غرب إفريقيا، وبالتالي جعلت من الممكن للعبيد الاحتفاظ بمعتقداتهم التقليدية أثناء ظهورهم على أنهم يمارسون الكاثوليكية. La Virgen de la Caridad del Cobre (سيدة الأعمال الخيرية) هي الراعية الكاثوليكية لكوبا وتحظى بتقدير كبير من قبل الشعب الكوبي وتعتبر رمزًا لكوبا. في سانتيرية، تم دمجها مع الإلهة Ochún. يحتفل الكوبيون بالمهرجان الديني الهام "La Virgen de la Caridad del Cobre" سنويًا في 8 سبتمبر. الديانات الأخرى التي تمارس هي بالو مونتي وأباكو، والتي تحتوي على أجزاء كبيرة من طقوسها باللغات الأفريقية.
على الرغم من أن القيود المفروضة على الدين في كوبا كانت ضئيلة مقارنة بالدول الشيوعية الأخرى مثل الاتحاد السوفيتي أو الصين، إلا أن العدد الكبير من الملحدين كان على الأرجح بسبب الجو الشيوعي للإلحاد الماركسي اللينيني.