اشتملت الحكومة في إسكتلندا العصر الحديث الباكرة بين أوائل القرن السادس عشر وأواسط القرن الثامن عشر على جميع هيئات الإدارة، من السلطة المَلكية إلى المؤسسات الوطنية وصولًا إلى أنظمة الحكومة المحلية والقانون. تقريبًا تصادفت الحكومة مع تاريخ العصر الحديث المبكر في أوروبا، إذ بدأت مع عصر النهضة والإصلاح الديني الإسكتلندي وانتهت مع آخر انتفاضات اليعاقبة وبدايات الثورة الصناعية. كانت أسرة ستيوارت ملوك هذه الفترة: جيمس الرابع وجيمس الخامس وماري وجيمس السادس وشارل الأول وشارل الثاني وجيمس الثاني وويليام الثالث وماري الثانية وآن وأسرة هانوفر: جورج الأول وجورج الثاني.
بقي التاج الملكي العنصر الأشد أهمية في الحكومة طوال تلك الفترة وشهد، على الرغم من الأقليات الملكية العديدة، الكثير من مظاهر الإجلال المرتبطة بـ «الملكية الجديدة» في أماكن أخرى من أوروبا. صيغت نظريات الملكية المحدودة والمقاومة في القرن السادس عشر من قبل الإسكتلنديين، وعلى وجه التحديد من قبل جورج بيوكانان، إلا أن جيمس السادس طرح نظرية الحق الإلهي للملوك، وأُعيد طرح هذه الجدالات خلال الحكم والأزمات اللاحقة. بقي البلاط مركز الحياة السياسية، وبرز في القرن السادس عشر كمركز رئيسي للعروض والرعاية الفنية. ظلّ مجلس شورى الملك والمناصب العليا في الدولة محوريين لإدارة الحكومة حتى بعد مغادرة الملوك الستيوارتيين لحكم إنجلترا منذ عام 1603، إلا أنها هُمّشت وألغيت بعد قانون الاتحاد لعام 1707، إذ بات الحكم من لندن مباشرة. كان البرلمان بالغ الأهمية أيضًا في إدارة البلاد، إذ طرح القوانين والضرائب، إلا أن نجاحاته لم تَدُم ولم يحقّق قط مركزية الحياة السياسية التي تمتع بها نظيره في إنجلترا قبل حلّه عام 1707.
ظلت الإيرادات مشكلة مستمرة للحكومة الإسكتلندية حتى بعد تقديم الضرائب المنتظمة منذ ثمانينيات القرن السادس عشر، إذ لم تكن الإيرادات كافيةً لمشاريع الحكومة وكانت معظم التكاليف تُدفع من الإيرادات الإنجليزية بعد عام 1603. جرت محاولات لزيادة فعالية الحكومة المحلية مع إنشاء المحاكم الصلحية ومفوضي التموين. ساعد الوجود المستمر لمحاكم بارون وإنشاء هيئات حكم الكنائس المحلية في توطيد سلطة الأسياد المحليين. في ما يتعلق بالقانون كان هناك توسع للمؤسسات المركزية وتمهين المحامين كجماعة. حوفِظ على القانون الإسكتلندي كنظام مستقل بعد الاتحاد في عام 1707 ونالت المحاكم المركزية منذ عام 1747 سلطةً واضحة على المؤسسات المحلية.