يدرس تاريخ اسكتلندا في أوائل العصر الحديث الأحداث التاريخية في اسكتلندا بين وفاة الملك جيمس الرابع عام 1513، وبداية تراجع حركة اليعاقبة في منتصف القرن الثامن عشر. تتزامن هذه الفترة تقريبًا مع أوائل العصر الحديث في أوروبا المتمثل بعصر النهضة وفترة الإصلاح الديني المسيحي وصولًا إلى الثورة الصناعية.
تنقَّلت اسكتلندا بين النفوذ الإنجليزي والفرنسي، وهو الأمر الذي انتهى بتوقيع معاهدة إدنبره عام 1560 التي أدت لانسحاب كلا الدولتين من اسكتلندا، وتركت الباب مفتوحًا لحدوث الإصلاح الديني. تأثر الإصلاح الديني الإسكتلندي بشدة بالكالفينية، ما أدى إلى انتشار الأيقونات وإدخال النظام المشيخي في التنظيم الكنسي الذي سيكون له تأثير كبير على الحياة الاسكتلندية فيما بعد. عادت الملكة ماري من فرنسا في عام 1569، لكن فترة حكمها تدهورت، واننتهت بالفضائح والقتل وبحرب أهلية في نهاية المطاف، وهو الأمر الذي أجبرها على الفرار إلى إنجلترا حيث أعدمت في وقت لاحق، وترك حكم اسكتلندا بيد خصومها البروتستانت الذين شكلوا مجلس وصاية على الملك الرضيع جيمس السادس، وفي عام 1603 ورث الملك جيمس السادس عرش إنجلترا وإيرلندا معًا، وتوحَّدت بريطانيا العظمى تحت حكم ملك واحد.
حاول تشارلز الأول بن جيمس السادس فرض المفاهيم الدينية الإنجليزية على ممالكه الأخرى، فتدهورت الأمور بسرعة، ما أدى إلى حرب الأساقفة (1637-1640) التي هزم فيها تشارلز، وشكَّلت نقطة الانطلاق لحرب الممالك الثلاث. دخل الاسكتلنديون الحرب الأهلية الإنجليزية إلى جانب البرلمان، وهو الأمر الذي ساعد على تحويل ميزان القوى لصالح قوات البرلمان على حساب الملك، ولكنهم عادوا لينضموا لجيش الملك تشارلز الأول في الحرب الأهلية الثانية والثالثة (1648-1651) وإلى جانب ابنه تشارلز الثاني بعد إعدامه، ما أدى إلى احتلال اسكتلندا على جيش البرلمان تحت قيادة أوليفر كرومويل وضمها إلى الكومنولث. عاد النظام الملكي لاسكتلندا في عام 1660، وأدى ذلك إلى عودة الأسقفية ونظام الحكم الملكي المطلق، وقاد ذلك لاضطرابات دينية وسياسية وسلسلة من الثورات. انضم الملك جيمس السابع للكاثوليكية علنًا، وهو ما أثار القلق بين البروتستانت، ولكن الأمور تغيَّرت بعد الثورة المجيدة في الفترة (1688-1889) مع وصول وليام وماري للحكم، فأعيد تطبيق النظام المشيخي وفرض القيود على الملكية. حدثت تحركات سياسية هامة بعد الكساد الاقتصادي في تسعينيات القرن التاسع عشر أدت إلى الاتحاد مع إنجلترا ضمن مملكة بريطانيا العظمى في عام 1707.
ظلت اسكتلندا بلدًا تقسمه التضاريس الطبيعية إلى مرتفعات وجزر وأراضٍ منخفصة على الرغم من وجود نظام طرق ومواصلات متطور فيها. حُصر معظم التطور الاقتصادي في اسكتلندا في الأراضي المنخفضة التي شهدت بدايات عصر الصناعة وتحسين الزراعة -لا سيما في غلاسكو- مع فتح الطرق التجارية إلى الأمريكتين، وحدثت زيادة هامة في عدد السكان وظهرت توترات اجتماعية واضحة اعتراضًا على القانون والنظام القضائي. بشَّر نمو المدارس وإصلاح الجامعات ببداية الازدهار الفكري وانطلاق عصر التنوير الإسكتلندي، وازدهر الأدب في بداية القرن السابع عشر، وتطورت العمارة والموسيقى، فواكبت العصر الجديد.