بدأت البهائية في اليابان بعد عدة إشارات إلى البلاد من قبل عبد البهاء كان أولها في عام 1875. وجاء أول اتصال ياباني مع الدين من الغرب عندما اعتنق كانيشي ياماموتو (山本寛一) البهائية أثناء إقامته في هونولولو، هاواي عام 1902، ثم تلاه سايتشيرو فوجيتا (藤田左弌郎) كثاني ياباني يعتنق الدين. في عام 1914، قام البهائيان جورج جاكوب أوغر وأغنيس ألكسندر، وعائلاتهما، بالريادة إلى اليابان. وقد أقامت ألكسندر في اليابان على فترات متقطعة لمدة نحو 31 عامًا حتى مغادرتها الأخيرة في 1967. وكان أول من اعتنق البهائية على الأراضي اليابانية هو كيكوتارو فوكوتا (福田菊太郎) عام 1915.
زار عبد البهاء عدة مدن غربية بين عامي 1911 و1912 والتقى بمسافرين يابانيين في باريس، ولندن، ونيويورك. كما التقى بفوجيتا في شيكاغو وبـ ياماموتو في سان فرانسيسكو. قام عبد البهاء بكتابة مجموعة من الرسائل أو الألواح بين عامي 1916 و1917، جُمعت في كتاب بعنوان "ألواح الخطة الإلهية"، لكنها لم تُعرض في الولايات المتحدة حتى عام 1919. وقد خدم فوجيتا بين الحربين العالميتين أولًا في بيت عبد البهاء ثم في بيت شوقي أفندي. في عام 1932، تم انتخاب أول محفل روحاني محلي بهائي في طوكيو وأعيد انتخابه في عام 1933. وكان عدد البهائيين في اليابان آنذاك 19 شخصًا فقط. في عام 1937، قامت ألكسندر بالحج البهائي ثم عادت إلى اليابان بعد سنوات. وفي عام 1938، تم إعفاء فوجيتا من خدمته في حيفا خوفًا على سلامته خلال الحرب العالمية الثانية وعاد إلى اليابان حتى عام 1956. في عام 1942، عاشت عائلة ياماموتو في مخيم إعادة توطين خلال الحرب. وبعد الحرب، أعاد البهائيون الأمريكيون الذين كانوا ضمن قوات الاحتلال الأمريكية الاتصال بالمجتمع البهائي الياباني — فقد وجد مايكل جميل فوجيتا في عام 1946 وساعد روبرت إيماغيري في إعادة انتخاب المحفل في طوكيو عام 1948. في عام 1963، أظهرت إحصائيات المجتمعات البهائية وجود 13 محفلاً روحانيًا ومجموعات أخرى أصغر.
في عام 1968، بدأ البهائيون اليابانيون بالسفر إلى خارج اليابان. وفي عام 1971، اعتنق أول سكان أوكيناوا البهائية. في عام 1991، نظّم المجتمع البهائي في اليابان فرعًا تابعًا لـ رابطة الدراسات البهائية، ومنذ ذلك الحين تعقد مؤتمرات سنوية، كما نشرت نشرات إخبارية، وساهمت في تنسيق ونشر أعمال أكاديمية على مستوى الفروع المختلفة.
وقدرت رابطة بيانات الأديان (اعتمادًا على الموسوعة المسيحية العالمية) عدد البهائيين في اليابان بنحو 15650 شخصًا عام 2005، بينما قدّر كتاب حقائق العالم لوكالة الاستخبارات المركزية عددهم بنحو 12000 شخص في عام 2006.