كتاب اختلاف الحديث هو أحد مؤلفات الإمام محمد بن إدريس الشافعي، أحد الأئمة الأربع لأهل السنة، قام فيه ببدأ علم اختلاف الحديث، والذي هو بالتعريف: العلم الذي يبحث في الأحاديث التي ظاهرها متعارض، فيزيل تعارضها، أو يوفق بينها، كما يبحث في الأحاديث التي يشكل فهمها، أو تصورها، فيدفع إشكالها، ويوضح حقيقتها.
قام الشافعي بكتابة كتابه خشية أن يقع غير ذوي العلم بالتناقض والغلط عند قراءتهم لحديث رسول الله صلى الله عليه وسلم حيث قال فيه: (وصفت في كتابي هذا المواضع التي غلط فيها من عجل في العلم قبل خبرته).