ولي خان (يُكتب أحيانًا فلي خان) كان أحد أفراد عشيرة أك تغلب من خوجة تركستان الشرقية، الذين غزوا كاشغار من قوقند أثناء ثورات أفاقي خوجة في عدة مناسبات في خمسينيات القرن التاسع عشر، ونجحوا في حكم كاشغار لفترة قصيرة.
على الرغم من طرد سلالة تشينغ لقبيلة آك تاجليك من كاشغاريا في ستينيات القرن الثامن عشر، إلا أنهم لم يتخلوا عن آمالهم في استعادة المنطقة، وغزوها بانتظام انطلاقًا من قاعدتهم في خانية قوقند. وسار ولي خان على خطى والده، جهانجير خوجة، وعمه يوسف، وابن عمه كاتي توراه، الذين غزوا كاشغاريا بنجاحات متفاوتة خلال النصف الأول من القرن التاسع عشر.
غزا كاشغار في عام 1852 (مع ديوان قلي)، و1855 (مع حسين إيشان خوجة)، والأشهر في عام 1857 م. سمح ولي خان، الذي كان معروفًا بوحشيته وطغيانه، بتمرد في عام 1855 م وبدأ بمهاجمة كاشغار.
قُتل الصينيون، وأُسرت بنات وزوجات أتباع الحاكم التركي الموالي. أُعدم أدولف شلاجينتفايت، وهو ألماني، بقطع رأسه على يد ولي خان، وعُرضت رأسه. اشتهر ولي خان بقسوته، وكان يقتل من يلفت انتباه رجال الحاشية إليه، فإذا رفع المؤذن صوته عاليًا، كان ولي خان يقتل المؤذن. سحق جيش صيني قوامه 12 ألف جندي جيش ولي خان، الذي كان قوامه 20 ألف جندي، وهزمه في 77 يومًا من القتال. تخلى "حلفاؤه" عن ولي خان بسبب قسوته. ردّ الصينيون بقوات والي خان انتقامًا شديدًا، وأعدموا ابنه وحماته بقسوة.
في الغرب، اشتهر والي خان بإعدامه المستكشف الألماني أدولف شلاجينتفايت عام ١٨٥٧، إلا أن قسوته وجدت انعكاسات أخرى في الأساطير المحلية. يُقال إنه قتل عددًا كبيرًا من المسلمين الأبرياء لدرجة أنه بُنيت أربع أو ست مآذن من جماجم الضحايا ( كالا منارة )؛ أو أنه ذات مرة، عندما صنع له حرفي سيفًا، اختبره فورًا قائلاً: "حسنًا، سأجربه الآن"، بقطع رأس ابن الحرفي الذي كان قد جاء مع والده وكان يقف بالقرب منه. ثم، بعبارة: "نعم، إنه سيف رائع حقًا"، أهدى الحرفي هدية. لم يُشعِر هذا التصرف سكان كاشغر بافتقاد الخوجة كثيرًا عندما هزمته القوات الصينية بعد أن حكم المدينة لأربعة أشهر.
في الغرب، يُعرف والي خان أساسًا بإعدامه للمستكشف الألماني أدولف شلاغنتفايت عام 1857م، غير أن قسوته انعكست في العديد من الأساطير المحلية. يُقال إنه قتل من المسلمين الأبرياء عدداً هائلاً حتى إن أربعاً أو ست مآذن بُنيت من جماجم ضحاياه (وتُعرف باسم قلعة المنارة). كما يُروى أنه عندما صنع له أحد الحرفيين سيفاً، قال والي خان على الفور: «حسناً، سأجرّبه الآن»، ثم اختبر السيف بقطع رأس ابن الحرفي الذي كان قد رافق والده ووقف إلى جواره. بعد ذلك قال: «نعم، إنه سيف ممتاز»، وقدم للحرفي هدية مكافأة له. ومثل هذا السلوك جعل أهل كاشغر لا يأسفون كثيراً على رحيله حين هزمته القوات الصينية بعد أن حكم المدينة أربعة أشهر فقط.
لقد تزايد كره الأويغور المحليين في ألتيشهر لولي خان بسبب إدخاله القسري للثقافة القوقندية وقمعه لثقافة كاشغار ووحشيته.
في عام 1865 م، بعد نجاح الروس في غزو خانية قوقند ومقتل حاكمها عليمقول، انضم ولي خان إلى مجموعة كبيرة من المسؤولين الخوقنديين الذين قرروا تجربة حظهم في كاشغار. وصلوا إلى كاشغار في أيلول 1865 م، لكنهم اضطروا إلى الاستسلام ليعقوب بك، أحد أبناء الخوقنديين، الذي كان قد رسّخ مكانته حاكمًا للمدينة. أحبط يعقوب بك محاولات أتباع والي خان لإعادته إلى السلطة بسهولة، حيث أمر باعتقال والي خان وإرساله إلى يانقهيسار تحت حراسة مسلحة، حيث سُمّم لاحقًا.