في عام 1759، هزمت أسرة تشينغ الصينية خانات دزونغار وأكملت غزو دزونغاريا. وبالتزامن مع هذا الفتح، احتلت أسرة تشينغ منطقة ألتيشهر في جنوب سنجان الحديثة، والتي استوطنها المسلمون الذين اتبعوا القيادة السياسية والدينية لأفاق خواجة.
بعد غزو تشينغ، بدأ الصينيون في دمج ألتيشهر وحوض تاريم في إمبراطوريتهم. وأصبحت المنطقة، إلى جانب جونجاريا، تُعرف باسم سنجان. على الرغم من أن أتباع آفاق خوجة المعروفين باسم آفاقي خوجة قاوموا حكم تشينغ، إلا أنه تم قمع تمردهم وتم إبعاد الخوجا عن السلطة.
ابتداءً من ذلك الوقت، ولمدة مائة عام تقريبًا، شنت خوجة آفاقي العديد من الحملات العسكرية في محاولة لاستعادة ألتيشهر من تشينغ.