هيئة الموانئ النيجيرية (بالإنجليزية: Nigerian Port Authority - NPA) هي الهيئة الحكومية الموكلة بالإشراف على شئون الموانئ في جمهورية نيجيريا الفدرالية، والتي تم تأسيسها في عام 1954م. من المونئ المهمة الخاضعة لهذه الهيئة ميناء لاجوس وبورت هاركورت وميناء كالابار. يتم تنفيذ عمليات هيئة الموانئ النيجيرية بالاشتراك مع رئاسة (نيجيريا) ومجلس الشاحنين النيجيريين. يقع مركز هيئة الموانئ النيجيرية في مدية مَرِنا، مدينة لاجوس تحت إشراف محمد بلو كوكو.
منذ عام 2005، مع بداية برنامج الامتياز للحكومة الفيدرالية، والذي يهدف إلى تعزيز الكفاءة من خلال الشراكة العامة والخاصة، تم منح الامتياز للموانئ النيجيرية.