هندسة البروتين هي عملية تطوير البروتينات المفيدة أو القيمة. وهو نظام جديد، مع الكثير من الأبحاث التي تجري في فهم طي البروتين والتعرف على مبادئ تصميم البروتين. وهو أيضًا سوق للمنتجات والخدمات، بقيمة تقديرية 168 مليار دولار بحلول عام 2017.
هناك استراتيجيتان عامتان لهندسة البروتين: تصميم البروتين العقلاني والتطور المباشر. هذه الأساليب ليست مستقلة ؛ غالبًا ما يطبق الباحثون كليهما معا. في المستقبل قد يتوصل إلى معرفة أكثر تفصيلاً عن بنية البروتين ووظيفته، والتقدم في الفحص عالي الإنتاجية، من قدرات هندسة البروتين بشكل كبير. في نهاية المطاف، قد يتم تضمين الأحماض الأمينية غير الطبيعية، من خلال طرق اجدد، مثل الشفرة الوراثية الموسعة التي تسمح بتشفير الأحماض الأمينية الجديدة في الشفرة الوراثية.