نهر بيبور (بالإنجليزية: Pibor River)، ويُعرف أيضاً باسم ريفر بيبور (River Pibor)، هو نهر يقع في شرق جنوب السودان، ويشكّل جزءاً من الحدود بين جنوب السودان وإثيوبيا. ينبع بالقرب من منطقة بيبور بوست ويتجه شمالاً لمسافة تقارب 320 كيلومتر (200 ميل)، حيث يلتقي مع نهر بارو ليشكلا معاً نهر السوباط، أحد أهم روافد النيل الأبيض.
يصرف نهر بيبور وروافده مياه حوض تبلغ مساحته نحو 137,130 كـم2 (52,950 ميل2). ويبلغ متوسط التصريف السنوي للنهر عند مصبه نحو 186.3 م3/ث (6,580 قدم3/ث).