هذه قائمة بالجداول المائية والأنهار في جنوب السودان، مرتبة جغرافيًا حسب أحواض التصريف المائي. كما توجد قائمة أبجدية في نهاية المقالة. وقد لا تكون هذه القائمة شاملة لجميع الأنهار والمجاري المائية في البلاد.
تتعقد الهيدرولوجيا في الجزء الشرقي من جنوب السودان بسبب منطقة السد، وهي مساحة شاسعة من الأراضي الرطبة والمستنقعات تتدفق إليها العديد من الأنهار وتفقد فيها هويتها النهرية. ويُفقد جزء كبير من المياه الداخلة إلى السد نتيجة التبخر، إلا أن جزءًا كبيرًا منها يصب في نهاية المطاف في النيل الأبيض. ويقع 90% من أراضي جنوب السودان ضمن حوض النيل الأبيض. كما أن المدن الثلاث الكبرى في جنوب السودان تقع جميعها على ضفاف النيل الأبيض أو أحد روافده الرئيسية.