ميكروبيوم (بالإنجليزية: Microbiome) هو مجموع الميكروبات المتعايشة مع إنسان أو أي من الأحياء الأخرى (حيوانات أو ديدان أو قواقع) وتعيش على جسمها أو في داخل أمعائها. ويقصد بالميكروبيوم في المقام الأول النبيت الجرثومي المعوي والميكروبات التي تعيش على جلده مما يسمى نبيت جرثومي جلدي أو تعيش على أجزاء أخرى من جسم الإنسان أو فيها في تعايش سلمي: في الفم والأنف والعين والأعضاء التناسلية وغيرها. وقد تنضم إليها في التعريف العام مجموعات الميكروبات التي تعيش في التربة وعلى أوراق الشجر وفي البيوت غيرها.
اصطلاح الميكروبوم هو اصطلاح جديد اقترحه «چوشوا ليدربرج» بشأن مشروع جينوم عندما انتهى من تعيين الجينوم البشري، واقترح أخذ النبت الجرثومي الذي يتعايش مع الإنسان في تحديد مجموع جيناته، حيث أن تلك النبيتات تشترك مع الإنسان العائل لها في عملية التمثيل الغذائي وتؤثر على الإنسان تأثيرا مباشرا.