المزارع المكروبيَّة الغذائيَّة (بالإنجليزية: Microbial food cultures) هي بكتيريا حية أو خميرة أو عفن يستعمل في إنتاج الغذاء. وقد استخدمها البشر منذ العصر الحجري الحديث. حيث تقوم بإجراء عملية التخمر في المواد الغذائية. مما يساعد في الحفاظ على الأطعمة القابلة للتلف وتحسين خصائصها الغذائية والحسية: التذوق و البصر و الشم واللمس ). اعتبارًا من عام 1995، مثلت الأطعمة المخمرة ما بين ربع وثلث الأطعمة المستهلكة في أوروبا الوسطى. علاوة على ذلك، تم تحديد أكثر من 260 نوعًا مختلفًا من المزارع الغذائيَّة المكروبيَّة ووصفها في المنتجات الغذائية المخمرة على مستوى العالم، مما يدل على أهميتها.
بدأ بناء الأساس العلمي لوظيفة الميكروبات في التخمير مع اكتشافات لويس باستور في النصف الثاني من القرن 19. ولا تزال الدراسات العلمية المكثفة في توصيف المزارع الغذائيَّة المكروبيَّة المستخدمة تقليديا في تخمير الأغذية مستمرة من الناحية التصنيفية و الفسيولوجية و الكيميائية الحيوية و الوراثية. مما يسمح بفهم أفضل وتحسين معالجة الأغذية التقليدية ويفتح مجالات جديدة للتطبيق.