بدأت مذبحة الضعين مساء يوم الجمعة 27 مارس 1987، عندما هاجمت ميليشيات المراحلين (معظمهم ينتمي إلى قبيلة الرزيقات) كنيسة كان قد تجمع فيها 25 من الدينكا لأداء صلاة المساء. استهدفت المجموعة نفسها أو مجموعة أخرى لاحقًا منازل الدينكا القريبة، حيث أُضرمت النيران في عدة منازل وقُتل ما بين 5 و7 أشخاص، فرّ بعض الدينكا في تلك الليلة، فلجأ بعضهم إلى أسر محلية في الضعين، بينما اتجه آخرون إلى حي «السكة حديد» قرب محطة القطار، حيث كانوا تحت حماية الشرطة

صباح يوم السبت 28 مارس 1987، نقل المسؤولون أفراد الدينكا من حي «حلة سكة حديد» إلى محطة القطار لإجلائهم من المدينة حفاظًا على سلامتهم. وُضعوا في ثماني عربات قطار، بينما بقي وُضعوا في ثمانية عربات قطار، بينما بقي الباقون في مركز الشرطة بالمحطة. لاحقًا، اقتحم عدد كبير من المراحيل وسكان الضعين الآخرين، غالبيتهم من الرزيقات، محطة القطار وهاجموا أفراد قبيلة الدينكا. بحلول غروب يوم السبت، قُتل أكثر من ألف من الدينكا. نُقل الناجون بعد ذلك بالقطار إلى نيالا.

أسفرت المذبحة في الضعين عن مقتل أكثر من ألف من قبيلة الدينكا، واختطاف واستعباد عدد غير معروف من أطفال ونساء الدينكا على يد بعض العرب من قبيلة الرزيقات.