السيد محمد حسيني خامنئي (بالفارسية: سید محمد حسینی خامنه) (من مواليد 25 ديسمبر 1935 في مشهد) المعروف باسم محمد خامنئي هو الأخ الأكبر لعلي خامنئي، وأحد واضعي دستور جمهورية إيران الإسلامية. وهو فقيه ومحاضر في إحدى الجامعات الإيرانية، وهو -حاليًا- رئيس مؤسسة صدرا للحكمة الإسلامية، ومحاضر في جامعة العلامة الطبطبائي في كلية العلاقات الدولية وجامعة الزهراء ويعمل محاميًّا، وكان رئيس مؤسسة علم إيران حتى عام 2022.
حل كذلك ممثلًا لمدينة مشهد في الدورة الأولى لمجلس الخبراء الدستوريين . كما كان حاضراً ممثلًا عن مدينة مشهد في الدورتين الأولى والثانية من المجلس الإسلامي.