مجموعات الخليلي هي ثماني مجموعات فنية مميزة جمعها ناصر د. الخليلي على مدى خمسة عقود. وتضم المجموعات مجتمعة نحو 35000 عمل فني، ويعتبر كل منها من بين أهم الأعمال في مجاله.
ومن بين هذه المجموعات أكبر مجموعة للفنون الإسلامية ، والتي تضم 26 ألف قطعة. وتضم مجموعة منفصلة حوالي 5000 قطعة متعلقة بالحج، تمتد من القرن السابع الميلادي إلى يومنا هذا. من اليابان، هناك 2200 قطعة من الفنون الزخرفية من عصر ميجي ومجموعة أخرى أكثر من 400 كيمونو، تغطي فترة 300 عام. المجموعة الخاصة الأكثر شمولًا من المينا، والتي تضم أكثر من 1500 قطعة، تتضمن أمثلة من الصين واليابان وأوروبا والأراضي الإسلامية. وتشمل المجموعات الثماني أيضًا 100 قطعة من المنسوجات المسطحة من جنوب السويد، و150 نموذجًا من الأعمال المعدنية الإسبانية المزخرفة بالدمشق (أي مع معدن مُطعّم في معدن آخر)، و48 وثيقة آرامية من باختر الأزبكية في القرن الرابع قبل الميلاد. تُظهر هذه المجموعات المتنوعة موضوعين يحفزان عادةً المجموعات الخاصة: جمع نماذج من أعلى القيم الفنية وتكوين سلسلة كاملة.
ويجري حاليًا نشر مائة كتالوج ودراسة تصف المجموعات. وقد أقيمت العديد من المعارض العامة المستمدة حصريًا من المجموعات، فضلًا عن إقراض الأشياء للمؤسسات التراثية.