كوتا بهارو مدينة في ماليزيا وعاصمة ولاية كلنتن. والاسم يعني في لغة ملايو «المدينة الجديدة» أو «القلعة الجديدة». وتقع في الجزء الشمالي الشرقي من شبه جزيرة ماليزيا وبالقرب من مصب نهر كلنتن وهي قريبة من الحدود التايلندية المجاورة لها. يشتهر سكان كوتا بهارو بالمحافظة على التعاليم الدينية. ويوجد في المدينة الكثير من الجوامع والمساجد التي تضفي عليها الطابع الإسلامي. كما يوجد بها العديد من المتاحف والقصور الملكية التاريخية والبنايات الرسمية الملكية التي تتركز في قلب المدينة. ويوجد بها مطار محلي يقع في منطقة بنغكالان شيبا يسمى مطار السلطان إسماعيل بترا.
وبها أيضا كلية للطب تابعة لجامعة العلوم الماليزية USM، وتحتوي على عدد كبير من الطلاب الاجانب.