كأس بانغاباندو 1999 (بالإنجليزية: 1999 Bangabandhu Cup) هو الموسم الثاني من كأس بانغاباندو، بعد أن أقيمت النسخة الأولى في موسم 1996–97. أُقيمت النسخة الثانية من 27 أغسطس 1999 إلى 7 سبتمبر 1999. فاز فريق تشكيلة دوري كرة القدم الياباني (الدرجة الثالثة) بالكأس بعد تغلبه على منتخب غانا تحت 23 سنة لكرة القدم بنتيجة 3–2 في النهائي.
تم إيقاف بطولة كأس بانغاباندو بعد نسخة عام 1999 بسبب الوضع السياسي في البلاد، وأعيد إطلاقها مرة أخرى في عام 2015.