شكّلت قوات الدفاع في جنوب السودان ميليشيا (SSDF) مسلحة في جنوب السودان خلال الحرب الأهلية السودانية الثانية (1983–2005)، وتحالفت بصورة غير مستقرة مع حكومة السودان.
وفّرت قوات الدفاع في جنوب السودان الحماية لحاميات القوات المسلحة السودانية وحقول النفط في شمال جنوب السودان، مقابل حصولها على الأسلحة والذخيرة، رغم استمرار شكوك قادتها العميقة تجاه الحكومة المتمركزة في الخرطوم.
وفي 9 يناير/كانون الثاني 2005، وضع اتفاق السلام الشامل حدًا للأعمال القتالية بين الجيش الشعبي لتحرير السودان والحكومة السودانية. وبعد عام، نصّ إعلان جوبا الصادر في 8 يناير/كانون الثاني 2006 على دمج مقاتلي قوات الدفاع في جنوب السودان ضمن صفوف الجيش الشعبي لتحرير السودان.
كما وقّع رئيس أركان قوات الدفاع، اللواء بولينو ماتيب نهيال، على إعلان جوبا، وتولى لاحقًا منصب نائب القائد العام للجيش الشعبي لتحرير السودان.