يعود خطر الكوارث الطبيعية الواضح على الفلبين إلى موقعها الجغرافي، فهي عرضة للزلازل والانفجارات البركانية كونها دولة تقع على منطقة حزام المحيط الهادئ الناري. بالإضافة إلى ذلك، تحيط بالدولة مسطحات مائية كبيرة، ويقابلها المحيط الهادئ حيث تُصنع 60 % من الأعاصير العالمية.
يُعتبر إعصار هايان أو «يولاندا» أحد التيفونات المدمرة التي ضربت الفلبين في عام 2013، والذي تسبب بمقتل أكثر من 10000 شخص وتدمير ما يزيد على تريليون بيزو من الممتلكات والأضرار التي لحقت مختلف القطاعات. وتشمل المشاكل الأخرى التي تواجهها البلاد كلًا من التلوث والتعدين غير القانوني وقطع الأشجار المحظور وإزالة الغابات وصيد الأسماك بالتفجير والانهيارات الأرضية وتآكل الساحل والانقراض والاحتباس الحراري وتغير المناخ.