لقد اجتذبت الاعتداءات الجنسية التي ارتكبها رجال الدين في الكنيسة الكاثوليكية على القُصَّر في تشيلي وفشل مسؤولي الكنيسة في الاستجابة وتحمل المسؤولية انتباه العالم بأسره باعتبارها فشلاً ذريعاً من جانب البابا فرنسيس والكنيسة ككل في معالجة الاعتداءات الجنسية التي ارتكبها الكهنة على القُصَّر. ومن بين عدد من الحالات، أثارت قضية الأب فرناندو كاراديما، التي أصبحت علنية في عام 2010، تساؤلات حول مسؤولية وتواطؤ العديد من الأساقفة التشيليين، بما في ذلك بعض من أعلى الأساقفة الكاثوليك رتبة في البلاد.
اتُهم كاراديما منذ عام 1984 بالاعتداء الجنسي على قاصرين. ولم يتم التعامل مع تقارير الاعتداء، وتم تجاهل تحقيق مبكر وجد أن الاتهامات الموجهة إلى كاراديما ذات مصداقية. وعندما وجد الفاتيكان كاراديما مذنبًا بالاعتداء الجنسي على قاصرين والاعتداء النفسي في فبراير 2011، حرمه من الحق في العمل كاهنًا لبقية حياته. أصبح العديد من الكهنة الذين أرشدهم أساقفة بحلول ذلك الوقت. في عام 2015، عين البابا فرانسيس أحدهم، خوان باروس مدريد، لرئاسة أبرشية أوسورنو، مما أثار الاحتجاجات، وخاصة من المجتمع الكاثوليكي المحلي. وقد أثار هذا التعيين جدلا واسع النطاق في تشيلي، وأثار دفاع البابا فرانسيس عن باروس في يناير/كانون الثاني 2018 احتجاجات شديدة من جانب ضحايا الاعتداء الجنسي ومناصريهم، بما في ذلك الكاردينال شون أومالي، رئيس اللجنة البابوية لحماية القُصَّر، حتى أن فرانسيس أمر بإعادة النظر في قضايا الاعتداء الجنسي في تشيلي من قِبَل كبير خبراء الفاتيكان في الاعتداء الجنسي على القُصَّر، رئيس الأساقفة تشارلز جيه. سكيلون. وبعد اقتناعه بالتقرير الصادر عن ذلك التحقيق في الفشل الواسع النطاق لهرم الكنيسة في الاعتراف بأزمة الاعتداء الجنسي والاستجابة لها، دعا فرانسيس جميع أساقفة تشيلي إلى روما للتشاور، وهناك قدم جميع الأساقفة النشطين في البلاد استقالاتهم.
في 11 يوليو 2019، تم رفع قانون التقادم بشأن الإبلاغ عن الاعتداء الجنسي على الأطفال وسط أزمة الاعتداء الجنسي المستمرة في الكنيسة الكاثوليكية التشيلية. في 30 أغسطس 2019، صرحت إينيس سان مارتين من كروكس أن الكنيسة الكاثوليكية في تشيلي «تضررت بشدة من أزمة الاعتداءات من قبل رجال الدين خارج العالم الناطق باللغة الإنجليزية».