مساجد ميسان تحتوي محافظة ميسان على العديد من المساجد التاريخية والأثرية والمراقد والحسينيات والأضرحة ومن أبرزها:
مرقد السيد علي الزكي
جامع العمارة الكبير
جامع قلعة صالح الكبير
مسجد الإمام علي الشرقي
مسجد ثار الله
ضريح العزير
جامع البدراوي (السراي)
جامع الإمام علي
جامع الإمام الحسن
جامع الإمام الحسين
جامع سوق النجارين
جامع وحسينية الشبانة
حسينية ابي الفضل العباس
مرقد السيد أحمد الماجدي
مرقد عبد الله بن علي بن ابي طالب