فرضية الدماغ المنسوخ هي فرضية غير مسندة إلى الأدلة في علم النفس التطوري حول أسباب اضطرابات طيف التوحد وطيف الفصام، إذ عرض بيرنارد كريسبي وكريستوفر بادكوك هذه الفرضية للمرة الأولى في عام 2008. تزعم الفرضية وجود بعض السمات المتضادة بين التوحد والنوع الفصامي، ما يشير إلى تعارض أسباب المرض الكامنة خلف كل من الحالتين.
تعتمد فرضية الدماغ المنسوخ على النسخ الجيني، الذي يمثل عملية تخلق التعبير الجيني المختلف عن طريق نسخ جينات الوالدين مع تأثير أحدهما بشكل أكبر من الآخر. يقترح مؤيدو فرضية الدماغ المنسوخ على وجه التحديد أن تطور اضطرابات طيف التوحد ناجم عن فرط النسخ من جهة الأب، وتطور اضطرابات طيف الفصام ناجم عن فرط النسخ من جهة الأم؛ إذ يشيرون إلى عدد من الارتباطات والارتباطات المضادة المزعومة بين هذه الاضطرابات وغيرها من السمات من أجل دعم الفرضية.
استطاعت هذه الفرضية جذب بعض الاهتمام في أوساط العلم الشعبي، إلا أنها مفتقرة للدعم العلمي. هوجمت الفرضية أيضًا بوصفها غير قابلة للدحض، ومبالغ فيها وواسعة بشكل مفرط. تشمل بعض المشاكل المحددة في هذه الفرضية عدم صحة التنبؤات التي تدعيها حول الاضطرابات الجينية، وتعارض تأثيرات الاضطرابين على التعاطف والتعقيل مع نموذج كريسبي وبادكوك بالإضافة إلى فشل العديد من تقنيات التصوير العصبي في دعم هذه الفرضية.