عين جدي تقع المحمية على الضفاف الغربية للبحر الميت، وتتميّز بجمالها الطبيعي الأخّاذ، حيث تمتزج ألوان الطبيعة في لوحة متكاملة تجمع بين زرقة البحر، وخضرة النباتات الكثيفة، وتدرجات البني في الصخور والتربة الصحراوية. تنبض هذه المنطقة بالحياة، إذ تضم تنوعًا بيئيًا فريدًا يشمل الحيوانات والنباتات النادرة، فضلًا عن تكويناتها الجيولوجية الفريدة ومعالمها التاريخية، مما جعلها موطنًا للحضارات القديمة بفضل مواردها الطبيعية الوفيرة، كالمياه العذبة المتدفقة على مدار السنة والتربة الخصبة التي تصلح للزراعة. ويجعلها موقعها المتميز وسط الصحراء القاحلة وجهة سياحية بارزة تستقطب الزوار من مختلف أنحاء العالم على مدار العام.
تمتد المحمية على مساحة 14,350 دونمًا، وتحتوي على أربعة ينابيع رئيسية، يبلغ معدل تدفق مياهها السنوي حوالي 230 مليون متر مكعب، حيث تعود أصول هذه المياه إلى الأمطار التي تهطل على مرتفعات جبال الخليل، فتتسرب إلى باطن الأرض قبل أن تخرج عبر ينابيع المنطقة.
وتُصنَّف سواحل البحر الميت، بما فيها منطقة عين جدي، جغرافيًا ضمن نطاق "ظل المطر"، حيث تتسبب الرياح الغربية القادمة من البحر المتوسط في هطول الأمطار على المنحدرات الغربية لجبال القدس والخليل، ومع انتقالها شرقًا ترتفع حرارتها وينخفض معدل تساقط الأمطار. ونتيجة لذلك، فإن المعدل السنوي للأمطار في المنطقة لا يتجاوز 60 ملم، مما يجعلها بيئة صحراوية قاحلة شديدة الجفاف.
إلى جانب مياه الينابيع، تشهد المحمية بين الحين والآخر فيضانات شتوية خلال الأعوام الغزيرة الأمطار، وتتركز هذه الفيضانات بشكل أكبر في وادي عريجة مقارنةً بـوادي السدر، وذلك لاختلاف مساحة أحواض تصريف المياه في كل منهما، حيث تبلغ مساحة حوض وادي السدر 18 كم²، بينما يمتد حوض وادي عريجة ليصل إلى 230 كم².