علم تخلق الاضطرابات المناعية الذاتية هو الدور الذي يلعبه علم التخلق (التغيرات الوراثية غير المنطوية على تعديلات تسلسلات الدنا) في الأمراض المناعية الذاتية. تمثل اضطرابات المناعة الذاتية فئة متنوعة من الأمراض التي تشترك في منشئها. تنشأ هذه الأمراض عندما يختل تنظيم جهاز المناعة ويبدأ عن طريق الخطأ في مهاجمة النسج السليمة عوضًا عن الأجسام الأجنبية والغريبة. يمكن تصنيف هذه الأمراض على أنها موضعية أو جهازية بالاستناد إلى تأثيراتها ما إذا كانت مقتصرة على جهاز واحد من أجهزة الجسم أم مسببة لتلف جهازي أكبر.
تعتمد احتمالية إصابة الفرد بالمرض المناعي الذاتي على العوامل الجينية بالإضافة إلى العوامل البيئية. تمتلك بعض العائلات استعدادًا جينيًا للإصابة بهذه الحالات، لكن غالبًا ما تُعتبر العوامل الجينية وحدها غير كافية لتأكيد إصابة الفرد في وقت لاحق بالمرض المناعي الذاتي. قد يؤدي كل من التدخين، والضغط النفسي والنظام الغذائي إلى إحداث تعديلات تخلقية على الجينوم من شأنها تغيير تنظيم الجينات النوعية لجهاز المناعة ما يتسبب في تطور هذه الحالات.
تشمل الآليات الرئيسية للتعديلات التخلقية كلًا من مثيلة الدنا، وتعديلات الهستون والتنظيم بواسطة الرنا غير المشفر. تعمل هذه التغيرات التخلقية على تنظيم التعبير الجيني، بما في ذلك الجينات المرتبطة بجهاز المناعة، إذ تلعب هذه التغيرات بالتالي دورًا في ظهور مختلف الأمراض المناعية الذاتية الموضعية والجهازية وتطور أعراضها.