علم بيئة المياه العذبة هو علم يهتم بدراسة البيئة التي تتواجد فيها المياه العذبة وهو يهتم بدراسة (البحيرات – الجداول المائية، المناطق الرطبة) كما تتفاعل مع المياه العذبة والمظهر الطبيعي والبشري لإظهار مدى تأثير النمط على عمليات النظام الإيكولوجي في ضوء مقاييس التطور المكاني والزماني.
كما تعكس الارتباطات المائية كيف تنتقل تلك المواد ثم تأتي الأنشطة البشرية لتعكس أيضا ملامح من شأنها أن تؤثر على كيفية انتقال هذه المواد وكميتها وكذلك تأثير عامل الزمن.