علم البيئة الوظيفي، هو فرع من فروع علم البيئة يركز على الأدوار أو الوظائف التي تلعبها الأنواع في المجتمع أو النظام البيئي الذي تحدث فيه. في هذا النهج، يُؤكد على الخصائص الفيزيولوجية والتشريحية وتاريخ حياة الأنواع. يُستخدم مصطلح «الوظيفة» للتأكيد على بعض العمليات الفيزيولوجية بدلاً من الخصائص المنفصلة، أو وصف دور الكائن الحي في النظام الغذائي، أو لتوضيح تأثيرات العمليات الاصطفائية الطبيعية على الكائن الحي.
يُمثل هذا الانضباط الفرعي لعلم البيئة مفترق طرق بين الأنماط البيئية والعمليات والآليات التي تقوم على أساسها. يركز علم البيئة الوظيفي على السمات المُمثلة في عدد كبير من الأنواع والتي يمكن قياسها بطريقتين. الطريقة الأولى هي إجراء الفحص، وتتضمن قياس وجود السمة في عدد كبير من الأنواع. أما الطريقة الثانية فهي التجريبية، والتي تؤمن علاقات كمية للصفات المُقاسة في الفحص.
يشدد علم البيئة الوظيفي على نهج تكاملي عبر استخدام سمات الكائن الحي وأنشطته لفهم الديناميكا الاجتماعية وعمليات الأنظمة البيئية، لا سيما الاستجابة للتغيرات العالمية السريعة التي تحدث في بيئة الأرض.
يرسو علم البيئة الوظيفي على مجموعة من التخصصات المختلفة، ويعمل كمبدأ موحد بين علم البيئة التطورية وعلم الأحياء التطوري وعلم الوراثة وعلم الجينوم والدراسات البيئية التقليدية، ويحاول أن يفهم «القدرات التنافسية للأنواع وأنماط وجودها وتجمع الجماعات ودور السمات المختلفة في أداء النظام البيئي».