يركز علاج الرجفان الأذيني على الوقاية من الاضطراب الدوراني المؤقت والسكتة الدماغية والأحداث الإقفارية الأخرى. تستخدم العلاجات الضابطة لمعدل ضربات القلب والنظم للوقاية من الاضطراب الدوراني بشكل رئيسي، بينما تستخدم مضادات التخثر لتقليل خطر الإصابة بالسكتة الدماغية، ويشار إلى الأخير بمجال الوقاية من السكتة الدماغية في الرجفان الأذيني. قد يلجأ المسعفون لتقويم النظم الكهربائي في حالات الطوارئ عندما يكون انهيار الدورة الدموية وشيكًا بسبب زيادة سرعة ضربات القلب.
يعتمد علاج الرجفان الأذيني بشكل رئيسي على مدة الرجفان ووجود اضطراب دوراني. يجرى التقويم الكهربائي للنظم في حالات الرجفان الأذيني حديث البدء (أقل من 48 ساعة) مع وجود دليل على اضطراب دوراني. تصبح دراسة الفسيولوجيا الكهربائية للقلب مع استئصال المسارات الكهربائية الشاذة أمرًا ضروريًا، عندما لا يتمكن الأطباء من ضبط النظم والسرعة بالأدوية والتقويم الكهربائي.
يصنف مقياس جمعية نظم القلب الأوروبية للرجفان الأذيني المرضى بالاعتماد على مدى إعاقة المرض لنشاطهم البدني.