عدم التوافق الجندري الطفلي (بالإنجليزية: Childhood gender nonconformity) هو ظاهرة تحدث للأطفال قبل البلوغ حين لا يتوافقون مع الأدوار الاجتماعية والنفسية المتوقعة من نوعهم الجندري، أو يرون أنفسهم مُمَثَلين في النمط الاجتماعي والنفسي للجنس المغاير. من السلوكيات التي تظهر على الأطفال المارين بتلك الظاهرة، على سبيل المثال، شهوة الملابس المغايرة، ورفض الطفل المشاركة في الأنشطة والألعاب المتعارف عليها اجتماعيًا أنها مناسبة لنوعه الجندري، والاقتصار في اختيار رفاق اللعب على الجنس الآخر.
ارتبطت دراسات متعددة بعدم التوافق الجندري الطفلي والمثلية الجنسية المحتملة، الغالبية العظمى ممن يقرون بأنهم مثليين أو مثليات في هذه الدراسات يعترفون بأنهم لم يكونوا متوافقين جندريًا كأطفال. ينقسم مجتمع المعالجين حاليًا حول الاستجابة المناسبة التي يجب اتخاذها نحو عدم التوافق الجندري في مرحلة الطفولة. اقترحت إحدى الدراسات أنه أمر وراثي.