عائلة خامنئي (الفارسية: خاندان خامنهای) هي من عائلات السيد الأذرية الإيرانية الذين ينحدرون من نسل الإمام علي زين العابدين (المعروف بالإمام السجاد) مكان سكنهم كان في أذربيجان، النجف، وتفرش، إلخ.
كان السيد علي خامنئي، المرشد الأعلى الراحل لإيران، أقوى أعضاء عائلة خامنئي السياسية حتى اغتياله في 28 فبراير 2026. ويرتبط نسبه بالإمام الحسين بن علي.
كان والد السيد علي خامنئي هو السيد جواد خامنئي، وكان جده لأبيه هو السيد حسين، الذي دُفن في النجف بالعراق (في مقبرة وادي السلام ). وكان والد السيد حسين هو السيد محمد حسيني تفرششي، الذي كان يُعتبر سيدًا من أفتاسي، وترتبط شجرة عائلته بسلطان العلماء أحمد (المعروف أيضًا باسم السيد أحمد).