الظهارة المهبلية هي البطانة الداخلية للمهبل وتتكون من طبقات متعددة من الخلايا (الحرشفية). يوفر الغشاء القاعدي دعم الطبقة الأولى للظهارة - الطبقة القاعدية. الطبقات الوسيطة تقع على الطبقة القاعدية والطبقة السطحية هي الطبقة الخارجية للظهارة. وصف علماء التشريح الظهارة بأنها تتكون من ما يصل إلى 40 طبقة متميزة. يفرز عنق الرحم والرحم المخاط الموجود على الظهارة. تخلق الجراثيم الظهارية سطحًا غير مطوي وتؤدي إلى مساحة كبيرة تغطي 360 سم مكعب. تسمح هذه المساحة الكبيرة بالامتصاص عبر الظهارة لبعض الأدوية عن طريق المهبل.
في سياق دورة الحياة، تخضع الظهارة المهبلية للتغيرات الدورية العادية التي تتأثر بالإستروجين: مع زيادة مستويات الدورة الدموية للهرمون، هناك انتشار للخلايا الظهارية مع زيادة في عدد طبقات الخلايا. عندما تتكاثر الخلايا وتنضج، فإنها تخضع الأنماط السطحية على الخلايا نفسها دائرية ومرتبة في صفوف طولية. تمتلك الخلايا الظهارية في الرحم بعض الخصائص الظهارية المهبلية. على الرغم من حدوث تغيرات مستحثة بالهرمونات في الأنسجة والأعضاء الأخرى في الجهاز التناسلي للأنثى، إلا أن الظهارة المهبلية أكثر حساسية وهيكلها مؤشر على مستويات هرمون الاستروجين. بعض خلايا لانغرهانس والخلايا الميلانينية موجودة أيضًا في الظهارة. تكون ظهارة عنق الرحم متجاورة مع تلك الموجودة في المهبل، وتمتلك نفس الخصائص والوظيفة. تنقسم الظهارة المهبلية إلى طبقات من الخلايا، بما في ذلك الطبقة القاعدية، والخلايا شبه المجاورة، والنسيج الطلائي، والخلايا الوسيطة. تقشر الخلايا السطحية باستمرار وتستبدل الخلايا القاعدية الخلايا السطحية التي تموت وتتشقق من الطبقة المتقرنة. تحت الطبقة القرنية توجد الطبقة الحبيبية والطبقة الشوكية. تحتفظ خلايا الظهارة المهبلية بمستوى عالٍ من غلايكوجين عادةً مقارنةً بالأنسجة الظهارية الأخرى في الجسم. الأنماط السطحية على الخلايا نفسها دائرية ومرتبة في صفوف طولية. تمتلك الخلايا الظهارية في الرحم بعض الخصائص الظهارية المهبلية.